第一，管理體系不同：前者由政府任命（或職工選舉并經(jīng)政府審核同意）廠長(經(jīng)理)，實行黨委領(lǐng)導(dǎo)下的經(jīng)理負責(zé)制，注重隸屬關(guān)系；國有獨資公司則建立以資產(chǎn)為紐帶的現(xiàn)代產(chǎn)權(quán)管理體系。

第二，治理結(jié)構(gòu)不同：前者治理結(jié)構(gòu)中的“老三會”，是指黨委會、工會、職代會，現(xiàn)代公司里的“新三會”，是指股東會、董事會、監(jiān)事會。新三會取代老三會，成為公司治理的核心機構(gòu)。

第三，管理者角色不同：全民所有制的廠長(經(jīng)理)是上級任命的，是企業(yè)法定代表人，在企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營中處于中心地位。國有獨資公司的經(jīng)理是由董事會聘任，對董事會負責(zé)。董事會與經(jīng)理層相分離，董事會是決策機構(gòu)，經(jīng)理層是執(zhí)行機構(gòu)。

第四，法律適用不同：全民所有制企業(yè)適用《全民所有制工業(yè)企業(yè)法》，這個法律雖然比較老舊，但在2009年08月27日經(jīng)過一次修訂后，目前仍然有效。目前，全民所有制企業(yè)將逐漸改組為有限責(zé)任公司或者股份有限公司，即“改制”。如果該全民所有制企業(yè)屬于公司則也適用《公司法》，如不是公司則不適用。國有獨資公司則《公司法》。

但是，有人說改制以后，國有企業(yè)就不再是全民所有制性質(zhì)了。這種理解是錯誤的。從財產(chǎn)性質(zhì)上說，國有資產(chǎn)屬于全體人民所有。《國資法》規(guī)定：“國有資產(chǎn)屬于國家所有即全民所有。” 因此，“國家所有”與“全民所有”是個等價的概念，全民所有制企業(yè)與國有獨資公司只是組織形式上不同，改制前后所有制性質(zhì)是不變的。